2018年5—11月对养马岛扇贝养殖区的3个海域进行了7个航次的调查，分析了浮游藻类群落结构的组成、密度、Shannon-Winner多样性指数、Pielou均匀度指数、Margalef丰富度指数和Mc-Naughton优势度指数，并应用典范对应分析（CCA）探讨了环境因子对养殖区浮游藻类优势种的影响。结果表明：养马岛扇贝养殖区检测出的浮游藻类共有5门34属60种，以硅藻门和甲藻门为主，分别占73.33%和13.33%；浮游藻类的密度范围为(1.49～124.92)×104个/L，最高密度和最低密度分别出现在6月和11月；优势种包括尖刺伪菱形藻（Pseudonitzschia pungens）、等鞭金藻（Isochrysis sp.）、蓝隐藻（Chroomonas sp.）、柔弱几内亚藻（Guinardia delicatula）、扁面角毛藻 (Chaetoceros compressus)和丹麦细柱藻（Leptocylindrus danicus）等；浮游植物多样性指数、均匀度指数以及丰富度指数的变化范围分别为0.51～3.62、0.14～1.00、1.08～4.12；CCA分析表明无机氮、无机磷、盐度和温度为影响该海域浮游藻类群落分布的主要因子。总体而言，养马岛扇贝养殖区的浮游藻类分布合理，结构稳定，适合扇贝养殖。